大面积推广种植转基因抗虫棉后，对棉田害虫种群结构和数量的发生有显著影响。突出的方面是，使棉铃虫防治困难、危害严重的问题得到了有效遏制，因而棉铃虫不再是影响棉花生产的主要障碍，从而大大减少了施药次数和施药量，节省了治虫成本，减少了环境污染，这是对棉花生产有利的方面。不利的方面是，由于转基因抗虫棉的抗虫单一性特点，加之化学农药用量减少，使其他害虫种群得不到及时有效的兼治，从而使转基因抗虫棉田内的其他害虫种群数量越来越多，对棉花的危害相对加重，成为棉花生产的主要障碍。这些害虫主要包括棉蚜、棉叶螨、棉盲蝽、棉蓟马、棉尖象、甜菜夜蛾和烟粉虱等。
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